pra responder a outra parte da pergunta, cada caso é um caso. tem sim .config
e .local
e outras, mas muito software ainda não faz uso ou não faz uso por padrão pra não quebrar uma expectativa que já existe há tipo 20 anos. eu diria, o segredo é não dar muita bola pra raiz da home e sim manter a organização tipo em Documents. um jeito de mover sem quebrar é fazer um link mas aí vc continua com a sujeira incomodando então…
no meio tempo eu criei uma lealdade com o Jerboa e nem fui experimentar o Boost